Dok su u prošlosti hrišćani u sultanu videli milostivog, pravednog i nepristrasnog vladara, ističe istoričar Kemal H. Karpat, sada se njihova vođa pokazuje kao korumpiranog, netolerantnog, tlačiteljskog i okrutnog muslimanskog despota i muslimana Balkana kao njegova ostavština s kojom je trebalo svesti račune. Muslimani Balkana su na promjeni u svom statusu najčešće odgovarali iseljevanjem u Turskoj. Prema službenim osmanlijskim statistikama koje ne uključuju veliki broj ljudi koji su ilegalno prešli osmanlijske granice, u periodu od 1878. do 1918. godine, Balkan je napustio 1,5 miliona muslimana
Dolaskom Osmanlija na balkanskom poluotoku širio se i islam, ne samo zbog toga što je bio religija vladara, nego i zbog ideoloških i društvenih razloga. Nadmetanja između Rimokatoličkih crkava i pravoslavnih Bizantija za dominaciju nad Balkanom, kako u sjajnom tekstu „Građanska prava muslimana Balkana“ piše Kemal H. Karpat, nisu ostavili alternativu nekim vjersko-etničkim grupama, kao što su bogumili, nego da traže utočište u islamu.
Jedino im je islam i vjerska politika Osmanlija dozvolio da očuvaju svoj kulturni identitet. To, ističe Karpat, ogleda se u činjenici da je ogromna većina onih koji su islam prihvatili kao svoju religiju sačuvali svoj maternji jezik, posebno u selima i manjim gradovima. Jezičko turciziranje desilo se jedino među obrazovanim slojem, tj. među onima koji su se pridružili osmanijskoj birokratiji i vjerskim institucijama.
Bliska veza muslimana Balkana sa osmanlijskim državom, primjenjuje Karpat, prvenstveno je bila odraz jedinstvene osmanlijske kulturne politike. Ona je bila spoj religijskih i političkih vjerovanja i prakse koje su prilagođene plemenskoj i etničkoj strukturi lokalnog stanovništva. Zbog toga su muslimani Balkana Osmanlijsku državu doživljavali kao svoju vlastitu državu, a ne kao stranog osvajača. Tako su, piše Karpat, sredinom XIX vijeka izrazi „Turčin“ i „musliman“ na Balkanu postali sinonimi, pa nije bilo neuobičajeno za srpski ili hrvatski hrišćanin da bosanskog muslimana naziva Turčinom.
Promjena u političkom i pravnom statusu muslimana Balkana bila je direktna posljedica vojnih i političkih promjena u centralnoj i jugoistočnoj Evropi. Berlinskim kongresom iz 1878. godine oni su od dominantnih grupa povezani sa vladajućim autoritetima trensformirani u manjini kojom su sada vladali raniji sultanovi hrišćanski podanici.
Promenom pravnog i političkog statusa otvorila se vrata nacionalizma izgrađena u religijskoj osnovi. Dok su u prošlosti hrišćani u sultanu vidjeli milostivog, pravednog i nepristrasnog vladara, ističe Karpat, sada se njihovo vođe pokazuje kao korumpiranog, netolerantnog, tlačiteljskog i okrutnog muslimanskog despota i muslimana Balkana kao njegova ostavština s kojom je trebalo svesti račune. Muslimani Balkana su na promjeni u svom statusu najčešće odgovarali iseljevanjem u Turskoj.
Prema službenim osmanlijskim statistikama koje ne uključuju veliki broj ljudi koji su ilegalno prešli osmanlijske granice, u periodu od 1878. do 1918. godine, Balkan je napustio 1,5 miliona muslimana.
Identitet muslimana Balkana toko posljednjih decenija Osmanlijskog carstva bio je presudno određen seobama i kako dobrovoljnim, tako i prisilnim napuštanjem zavičaja. Jedan od njih, kako se primenjuje Karpat u tekstu „Hidžret iz Rusije i sa Balkane: prosek samofiniranja u kasnoj osmanlijskoj državi“, može smatrati neprekinutim procesom koji je trajao od 1815. do 1918. godine.
Pritom je ključna odrednica identiteta migranata bila njihova pripadnost islamu. Muslimanski identitet ovog stanovništva, piše Karpat, izvanjski se sastojao od određenih objektivnih simbola kao što su imena i obredi putem kojih se pojedinac povezivao sa zajednicom koja je sebe nazivala muslimanskim. Aktivno vježbanje vjere nije bilo neophodno za nekoga da se razmotri muslimanom, niti je to bio preduslov za prihvatanje od strane njegovih muslimanskih skupina.
Karpatova teza je da se muslimani Balkana identifikuju sa islamom u smislu društvenog ponašanja i rituala više nego u smislu političkog sistema, a sve dok proces seoba nije izmijenjen ovaj relativno pasivni muslimanski identitet u mnogo dinamičnoj političkoj svijesti.
U periodu nakon Drugog svjetskog rata, piše Karpat, muslimani su u novonastalim državnim strukturama na Balkanu pod markističkim režimima trpjeli najteže progone, izuzev onih u Jugoslaviji gdje je savezni sistem i vanjska politika bazirana na prijateljstvu sa arapskim zemljama osigurana je jedna vrsta zaštite, uprkos naporima Srbi su nastavili svoju diskriminatorsku politiku iz perioda 1918.-1941., Kada su kontrolisali jugoslavensku unitarnu državu.
Ipak, muslimani Jugoslavije bili su podvrgnuti različitim pritiscima da se utvrde od njihove vjere i da se deklamuju kao Srbi. Bošnjaci su na pritiske reagovali pružanjem podrške hrvatskim političkim partijama, što je u globalu bila mjera samoodbrane protiv srpskog šovinizma. Zbog toga su, uočava Karpat, bili podvrgnuti još većim pritiscima srpskog nacionalizma.
Iako su bosanski Muslimani žestoko opirali pritiskom na onu stranu Drine, on je ostavio značajan trag: oslabio je bošnjačko sjećanje na istorijske veze sa Osmanlijama i doveo do stvaranja novog bošnjačkog nacionalno-političkog identiteta sa sekularnom dimenzijom koji je, ipak, bio ukorijenjen u starom muslimanskom religijskom identitetu.
Novi identitet koji nije bio ni srpski ni hrvatski, već bošnjački, postao je dijelom Federativne republike Jugoslavije formiran nakon Drugog svjetskog rata. Na neki način realizovao je 1971. godine kada su Bošnjaci bili i službeno priznati kao „muslimanska nacionalnost“.
Ipak, u ovoj sintagmi Bošnjaci su određeni kao vjerska skupina. Obnovu bošnjačkog etničkog i nacionalnog identiteta kao političkog subjekta u novonastaloj geopolitičkoj mapi regije, smatra Karpat, presudno je odredilo buđenje srpskog nacionalizma.