U Stupnom Dolu kod Vareša danas je obilježena 28. godišnjica zločina HVO-a, čije su specijalne jedinice ubile 38 bošnjačkih civila.
Ubijeno je 17 žena, petero djece, kao i veći broj staraca. Jedanaest osoba žive su zapalili. Najmlađa ubijena žrtva imala je dvije, a najstarija 74 godine. Spaljeno je 58 kuća i mjesna džamija, a selo je potpuno uništeno.
Zločinci su pokušali da prikriju zločin, ali su jedinice Ujedinjenih nacija ušle u selo i svjedočile užasu koji su pripadnici Hrvatskog vijeća odbrane ostavili iza sebe. U samom gradu Varešu su otvoreni logori u koje su odvođeni muškarci bošnjačke nacionalnosti, gdje su bili izvrgnuti torturi i premlaćivanju od kojeg pojedinci i danas imaju trajne posljedice. Silovanje i pljačka su bili sastavni dio ovog udruženog zločinačkog poduhvata.
Za ovaj zločin procesuirani su Ivica Rajić, Dominik Ilijašević Como i Miroslav Anić, kao i šesterica političkih i vojnih vođa samoproglašene tzv. Herceg-Bosne.
Dominik Ilijašević Como, nakon bijega iz mostarskog zatvora, živi u Hrvatskoj, zbog čega su porodice žrtava ogorčene.
Haški tribunal osudio je 2006. komandanta Hrvatskog vijeća odbrane Ivicu Rajića na 12 godina zatvora zbog zločina i kršenja Ženevskih konvencija u Stupnom Dolu. On je priznao krivicu za sudjelovanje u napadu na Stupni Do. Među dokumentima koji su teretili Rajića bila je i naredba njegovog nadređenog Slobodana Praljka: “Sredite situaciju u Varešu i okolini bez milosti prema bilo kome”. Stupni Do je bio dio provođenja te naredbe.
Praljak je, zajedno sa najvišim političkim i vojnim liderima takozvane Herceg-Bosne, Jadrankom Prlićem, Brunom Stojićem, Valentinom Ćorićem, Berislavom Pušićem i Milivojem Petkovićem prvostepeno optužen za progone Bošnjaka, ubistva, okrutne postupke, pljačku i uništavanja bošnjačkih sela u okviru udruženog zločinačkog poduhvata.
Haški tribunal je presudio da ovi zločini spadaju u zločine protiv čovječnosti u brojnim presudama protiv hrvatskih političkih, vojnih komandanata i vojnika.