Napadom Hrvatskog vijeća odbrane na jedinice Armije Republike Bosne i Hercegovine u Prozoru i Novom Travniku, u oktobru 1992. godine, otpočeo je tzv. “bošnjačko – hrvatski sukob”, odnosno sukob ARBiH i HVO-a. Pored velikih gubitaka na obje strane jedna od karakteristika ovog sukoba je i sistematsko spaljivanje, rušenje i miniranje gotovo svih naseljenih mjesta i imovine koje su pale u ruke hrvatskih snaga. Primjeri rušenja džamija na području Hercegovine trajno će ostati utisnuti u trag udruženog zločinačkog poduhvata. Slike porušenih džamija iz Mostara, Stoca i Čapljine, odnosno na prostoru koji je bio pod kontrolom tzv. “Herceg Bosne” govore o strašnom zločinu na navedenim prostorima. Na njima je nikla trava iz gareži, iznikla šikara iz spaljenih zidina, trnje iz temelja, zdrobljen kamen. U pravilu su sistematski rušene. Najprije paljenjem, a potom i miniranjem, da bi na kraju njihovi ostaci bili odvezeni sa njihovog lokaliteta.
HVO i Hrvatska vojska su u Mostaru 1993. godine, na prostoru koji su imali pod kontrolom, srušili 8 džamija, a poslije rušenja su uklonili njihove ostatke. Srušena je džamija na Babunu – Ilići kod, izgrađena 1676. godine, zatim džamija u Jasenici kod Mostara, izgrađena 1975. godine, džamija Ali paše Rizvanbegovića na Buni kod Mostara, izgrađena prije 1847. godine, džamija na Gubavici kod Mostara, izgrađena tokom XVII stoljeća, džamija u selu Pijesci, izgrađena 1962. godine, džamija hadži Alibega Lafe, izgrađena 1651. godine, džamija Baba Beširova na Balinovcu, izgrađena 1631. godine i džamija Derviš paše Bajezidagića u Podhumu, izgrađena prije 1592. godine. Miniranjem džamije na Balinovcu 9. maja 1993. godine otpočeo je i opći napad na 4. korpus ARBiH koji je branio slobodne dijelove Mostara. Džamija u Pijescima srušena je dva dana kasnije.
Osamnaest mostarskih džamija koje su bile pod kontrolom ARBiH i kojima nisu mogli prići, bjesomučno su granatirali. Niti na jednoj nije bilo manje od 70% oštećenja. Tako su uništene džamija u Gornjoj Draženici kod Mostara, igrađena 1903. godine, zatim džamija Karađozbegova u Mostaru, izgrađena 1557. godine, pa džamija Koski Mehmed paše u Mostaru, izgrađena 1618. godine, džamija Nesuh age Vučjakovića u Mostaru, izgrađena 1564, džamija Ćejvan Ćehajina u Mostaru, izgrađena 1552. godine, džamija Ćose Jahja hodžina na Musalli u Mostaru, izgrađena 1620. godine, džamija Hadži Kurtova – Tabačica u staroj jezgri Mostara, izgrađena u XVII stoljeću, džamija hadži Memije Cernice u Mostaru, koja je izgrađena u XVI stoljeću, džamija hadži Ahmedage Lakišića na Ričini u Mostaru, izgrađena 1650. godine, džamija Roznamedžijina u Mostaru, izgrađena 1620. godine, Jahja Esfelov mesdžid u Donjoj mahali u Mostaru, koji je izgrađen 1620. godine, pa mesdžid Sultana Selima Javuza na Starom mostu, izgrađen 1602. godine. Uništena je i džamija u Gnojnicama kod Mostara, izgrađena u XVII stoljeću, džamija u Blagaju kod Mostara izgrađena 1520. godine, džamija Karađozbegova u Potocima kod Mostara izgrađena u XVI vijeku, Lehina džamija u Blagaju, izgrađena početkom XVII stoljeća, džamija hadži Ibrahim age Šarića u Mostaru, izgrađena 1624. godine, džamija na Humima kod Mostara, izgrađena 1985. godine, džamija u Podgoranima, koja je izgrađena 1970. godine. Neke od njih uništavale su i snage Vojske Republike Srpske, bivše JNA i drugih paravojnih srpskih formacija, ali se u njima mogao organizirati vjerski život, što nije bio slučaj nakon djelovanja HVO-a i HV-a. U Mostaru nakon tog 9. maja nije bilo ni jedne džamije u kojoj se mogao obavljati namaz.
Na području Stoca HVO i HV srušili su osam džamija. Redom Sultan Selimovu Carevu džamiju, sagrađenu 1519. godine, džamiju hadži Alije Hadžisalihovića, sagrađenu 1736. godine, džamiju Ismaila kapetana Šarića, sagrađenu 1741. godine, džamiju hadži Saliha Bure, sagrađenu 1733. godine, džamiju u Ošanićima kod Stoca, sagrađenu 1940. godine, džamiju u Borojevićima kod Stoca, sagrađenu 1933. godine, džamiju u Rotimlji kod Stoca, sagrađenu početkom XX stoljeća, džamiju u Pješevcu kod Stoca, sagrađena 1973. godine, džamiju u Crnićima, Aladinićima kod Stoca, sagrađenu 1940. godine. Rušenje džamija u Stocu počelo je 13. i 14. jula 1993. godine, kada je počeo i progon stolačkih Bošnjaka. Sve su džamije porušene, a mjesta na kojima su se nalazile očišćena su do polovine avgusta 1993. godine.
Na području Čapljine potpuno je srušeno šest džamija. Džamiju u Počitelju, jednu od najljepših džamija u Hercegovini po svojoj arhitekturi, ali i po položaju na kojem je napravljena, izgradio je hadži Alija, sin Musa agin, 1563. godine. Srušena je džamija u Višićima izgrađena 1978. godine, džamija na Bivoljem Brdu, koja je posljednji put renovirana 1969. godine, zatim džamija u Rečicama, posljednji put renovirana 1927. godine, džamija u Lokvama, renovirana 1973. godine, i džamija u Opličićima, renovirana 1984. godine.
Na području Mostara, Stoca i Čapljine uhapšeno je preko 15 000 civila, dok je iz stolačke i čapljinske općine na slobodnu teritoriju protjerano više od 5 000 civila, uglavnom žena i djece. Iz dijela Mostara, koji je bio pod kontrolom HVO-a, protjerano je oko 15 000 ljudi. Desetine hiljada ljudi bilo je primorano potpisati izjave kojima se odriče cjelokupne imovine. Od aprila 1993. do aprila 1994. godine mali dio prostora kojeg su branile jedinice 4. korpusa ARBiH u Hercegovini, bio je pod stalnom blokadom HVO-a. Svakodnevno su granatirana mjesta, civili su bili izloženi snajperskom paljbom a blokiran je svaki konvoj sa humanitarnom pomoći. Opljačkano je oko 8 000 stanova i privatnih kuća. Istovremeno je zapaljeno preko 1 100 stanova i kuća, koji su gađani zapaljivom municijom.
I pored jasnih nauma udruženog zločinačkog poduhvata, neki politički pa i crkveni velikodostojnici vješto staju u odbranu vodstvu ove ideologije. Takav jedan tekst objavio je, don Željko Majić, generalni vikar mostarskog biskupa Ratka Perića. “Koliko god se haaški tužitelji trudili da političko i vojno vodstvo Hrvata u BiH i Hrvata u RH na ovakav nepravedan način, u sudskoj praksi bez presedana proglase ratnim zločincima, oni će za svoj narod biti heroji!”, napisao je Majić u časopisu “Crkva na kamenu”.
